<form action="" name="modificacion" method="post">
<table width="49%" border="1" align="center" rules="rows">
<tr>
<th width="51%" height="34" align="center" style="font:Verdana, Geneva, sans-serif; font-size:12px">Nombres</th>
<th width="49%" align="center" style="font:Verdana, Geneva, sans-serif; font-size:12px">Departamento</th>
</tr>
<tr>
<?php 
while($registro = mysql_fetch_array($consulta, MYSQL_ASSOC))
{ ?>
    <td height="35" align="center">
    <input type="text" value="<?php echo $registro['nombres']?>" name="nombres[]">
    </td>
    <td align="center">
    <input type="text" value="<?php echo $registro['departamento']?>" name="departamento[]" class="letrapequeña" >
    </td>
  </tr>
 <input type="hidden" value="<?php echo $registro['idempleado']?>" name="idempleado[]">
  <?php 
  }
?>



{
<?php
for ($i = 0; $i < count($_POST['nombres']); $i++) 
{
    $update = mysql_query ("UPDATE empleado  SET nombres='{$_POST['nombres'][$i]}', 
                                                 departamento='{$_POST['departamento'][$i]}'
                                                 WHERE idempleado='{$_POST['idempleado'][$i]}'",$conex) 
                                                 or die ('Problemas con el query'.mysql_error());
 
   echo $update."<br/>";
}
?>